Un grand coup de pouce dans la recherche de médicaments et de vaccins peut provenir de la réponse à quelques questions simples sur les origines du coronavirus qui restent encore en jeu. Dans quelles espèces animales le coronavirus s'est-il manifesté pour la première fois COVID-19? Une chauve-souris, un pangolin ou une autre espèce sauvage ? D'où est ce que ça vient? D'une grotte (ou d'une forêt) de la province chinoise du Hubei ou d'ailleurs ?
En décembre 2019, 27 des 41 premières personnes admises à l'hôpital (66%) sont passées par un marché situé au cœur de la ville de Wuhan, dans la province du Hubei. Mais, selon l'un étude menée à l'hôpital de Wuhan et publiée dans Lancet le premier cas humain identifié n'a pas été présent sur ce marché.
Une estimation de la datation moléculaire basée sur les séquences génomiques du SRAS-CoV-2 son origine remonte à novembre. Et cela soulève des questions sur les origines du coronavirus, en particulier le lien entre cette épidémie de COVID-19 et la faune.
Données génomiques
Il Le génome du SRAS-CoV-2 est a été "rapidement" séquencé par des chercheurs chinois. Analyse génomique comparatifs ont montré que le SRAS-CoV-2 appartient au groupe des Bétacoronavirus et c'est très proche de SRAS-CoV, responsable d'une épidémie de pneumonie aiguë apparue en novembre 2002 dans la province chinoise du Guangdong puis s'est propagée à 29 pays en 2003. Le SRAS a enregistré 8.098 774 cas, dont XNUMX décès. Ces chauves-souris sont connues pour être Rhinolophus étaient les réservoir de ce virus et qu'un petit carnivore, la civette des palmiers (larve paguma), c'est peut-être le cas depuis invité intermédiaire entre les chauves-souris et les premiers cas humains.
Depuis, de nombreux Bétacoronavirus ont été découverts, principalement chez les chauves-souris, mais aussi chez l'homme. Par exemple, RaTG13, isolé d'une chauve-souris de l'espèce rhinolophe affinis collecté dans la province chinoise de Yunan, il a récemment été décrit comme très similaire au SRAS-CoV-2, avec 96% de séquences génomiques identiques .
Ces résultats indiquent que les chauves-souris, et en particulier les espèces du genre Rhinolophus, constituent le réservoir des virus SARS-CoV et SARS-CoV-2.
Mais comment définissez-vous un tank? Un réservoir est une ou plusieurs espèces animales peu ou pas sensibles au virus, mais qui l'hébergent. L'absence de symptômes de la maladie s'explique par l'efficacité du système immunitaire de ces animaux, qui leur permet de lutter contre la prolifération virale.
Mécanisme de recombinaison
Le Février 7 2020 la science a appris plus tard qu'un virus encore plus proche du SRAS-CoV-2 avait été découvert dans le Pangolin. Avec 99% des concordance génomique, le pangolin était considéré comme un réservoir plus probable que les chauves-souris.
Tous réglés sur les origines du coronavirus, alors? Pas encore.
Par la suite, un étude la plus récente et toujours sous enquête montre que le génome du coronavirus isolé du pangolin malais (manis javanica) ressemble moins au SRAS-Cov-2, avec seulement 90% de concordance génomique. Cela indiquerait que le virus isolé dans le pangolin n'est pas responsable de l'épidémie de COVID-19 qui sévit actuellement.
Protéine S
Or, le coronavirus isolé du pangolin est similaire à 99% en 74 acides aminés impliqués dans le domaine de liaison du récepteur de l'angiotensine II, ce qui permet au virus de pénétrer dans les cellules humaines pour les infecter. En revanche, le virus RaTG13 isolé de la chauve-souris rhinolophus affinis elle est très divergente dans cette partie spécifique (seulement 77% de similitude). En pratique, le coronavirus isolé du pangolin est capable de pénétrer dans les cellules humaines, tandis que celui isolé de la chauve-souris rhinolophus affinis ce n'est pas.
De plus, ces comparaisons génomiques suggèrent que le virus SARS-Cov-2 est le résultat d'une recombinaison entre deux virus différents, l'un proche du RaTG13 et l'autre plus proche du virus pangolin. Autrement dit, il s'agirait d'une chimère entre deux virus préexistants.
Ce mécanisme de recombinaison était déjà décrit dans les coronavirus, notamment pour expliquer l'origine du SRAS-CoV. Il est important de savoir que la recombinaison aboutit à un nouveau virus potentiellement capable d'infecter une nouvelle espèce hôte.
Pour que la recombinaison se produise, les deux virus divergents doivent avoir infecté le même organisme simultanément.
Deux questions restent désormais sans réponse : dans quel organisme cette recombinaison s'est-elle produite ? (une chauve-souris, un pangolin ou une autre espèce ?) Et surtout, dans quelles conditions cette recombinaison a-t-elle eu lieu ?
