Votre système immunitaire a son mot à dire, même si vous l'ignorez probablement. Au moment où vous lisez ces lignes, 1 800 milliards de cellules patrouillent votre corps à la recherche de virus, de bactéries et de cellules tumorales. Certaines fonctionnent bien, d'autres non. Ensemble, elles forment votre système immunitaire. immunomeUn univers d'interactions moléculaires qui détermine si vous tombez malade ou restez en bonne santé. Jusqu'à présent, la médecine ne pouvait capturer que des images floues de ce système. Compter quelques types de cellules. Mesurer des protéines génériques. Il existe désormais un test qui le scanne complètement. Elle est appelée IHM Il analyse un million de composants immunitaires à partir d'un échantillon. Il obtient un score qui indique si votre immunome fonctionne ou cache quelque chose. Avant même l'apparition des symptômes. Ai-je votre attention ? Bien. Continuons.
Quand un message change votre perception de la santé
L'histoire commence par un texte. « David, tu es le point rouge », écrit-il. Jean TsangImmunologue de Yale (photo). L'image ci-jointe montre un graphique comportant des dizaines de points noirs dispersés sur un plan cartésien, ainsi qu'un seul point rouge, isolé. Ci-dessous figure un chiffre : 0,35. Aucune explication immédiate. Le destinataire du message est David Ewing Duncan, un journaliste qui a subi tous les nouveaux tests médicaux disponibles depuis vingt ans. Il a fait séquencer son ADN en 2001, à un coût exorbitant. De plus, il a cartographié ses protéines, son microbiome et son métabolisme. Il a accumulé des téraoctets de données sur lui-même. Mais ce test promettait autre chose. Pas une liste de chiffres : une évaluation complète de la santé de son immunité.
Le graphique montrait les personnes en bonne santé à droite, les personnes malades à gauche. Le point rouge était au milieu, légèrement à droite. Duncan avait 67 ans. Il avait eu la COVID-19 à deux reprises. Une COVID longue. Stress, infections, le temps qui passe. Pourtant, son… score d'immunome Ce chiffre correspondait à celui de personnes 20 ans plus jeunes. Pas mal, tout compte fait. Mais que signifiait vraiment ce chiffre ? Et surtout : que révélait-il de plus que les autres tests ?
L'immunome est un système que la médecine ne peut toujours pas lire.
Le système immunitaire est composé de 1,8 billion de cellules. Des milliards de protéines, de molécules d'ARN messager et de métabolites. Chaque élément évolue continuellement en fonction de ce que vous rencontrez : virus, bactéries, alimentation, stress, traumatisme.immunome C'est cela : la somme de toutes les interactions entre les composants immunitaires à un instant T. Elle est façonnée par l'ADN, mais aussi par tout ce que vous avez vécu : les maladies passées, l'air que vous avez respiré, la nourriture que vous avez ingérée, les moments de tension accumulés. C'est une archive vivante de votre existence biologique.
Jusqu'à récemment, la médecine ne pouvait l'observer qu'à distance. Les analyses sanguines standard ne mesurent que quelques marqueurs : les globules blancs, les neutrophiles, les lymphocytes et les monocytes. C'est comme vérifier si une ville fonctionne en comptant le nombre de voitures dans la rue.Il ne vous indique pas si la circulation est fluide, si les feux de circulation fonctionnent ou si quelqu'un bloque une intersection. La formule sanguine (NFS), utilisée depuis des décennies, compte les cellules. Elle n'évalue pas leur activité, ni leur interaction. Surtout, elle ne prédit pas si le système est sur le point de tomber en panne ou s'il lutte déjà contre un problème caché.
Le test développé par Tsang et son équipe à Yale va plus loin. Il analyse jusqu'à un million de cellules, de protéines, d'ARN et de biomolécules immunitairesIl ne se contente pas de les compter : il évalue leurs réactions, leur activation et leur communication face à une menace. Il utilise des algorithmes d'apprentissage automatique pour comparer ces données à celles de milliers d'autres personnes et établir un profil complet de l'immunome. Le résultat est un chiffre :Indicateur de santé immunitaire, ou IHM. Score qui place chaque personne sur une échelle allant de « immunome sain » à « immunome compromis ».
Le test qui détecte les maladies invisibles
En 2024, Tsang et Rachel Sparks, immunologiste clinicien maintenant à AstraZeneca, ils ont publié les résultats de leur étude su Nature MedicineIls ont testé 270 personnes : 228 atteintes de maladies génétiques rares affectant le système immunitaire et 42 personnes en bonne santé. Le test a analysé leur sang à la recherche de signes distinctifs d’une immunosuppression affaiblie. Et il les a identifiés. Les personnes atteintes de différentes maladies présentaient des schémas similaires : faibles taux de cellules tueuses naturelles, altérations des cytokines, déséquilibres de protéines spécifiques. Le test a permis de distinguer les personnes malades des autres.
Mais une découverte intéressante est alors arrivée : certaines personnes « en bonne santé » apparaissaient sur le graphique à côté des malades. D’autres malades se trouvaient du côté des personnes en bonne santé. Environ la moitié des personnes ne sont pas diagnostiquées Leurs scores IHM coïncidaient avec ceux des personnes atteintes de maladies graves. Explications possibles : soit ils luttaient contre un virus passager (comme un rhume en incubation), soit leur système immunitaire était affaibli par l'âge et le stress accumulé, soit ils étaient porteurs d'une maladie asymptomatique. Une maladie auto-immune latente. Une tumeur microscopique. Une inflammation chronique, pourtant silencieuse.
« La NFS ne me dit pas ce que font les cellules que je compte », explique Sparks. « Je sais juste qu'il y a plus de neutrophiles que la normale. Mais ils peuvent se comporter bien ou mal. » Nous disposons désormais de technologies qui nous permettent de voir à un niveau granulaire ce que fait réellement une cellule lorsqu’un virus apparaît..Comment il change, comment il réagit, s’il s’active ou reste immobile.
Pourquoi certaines personnes tombent malades et d'autres non
La pandémie a révélé un problème. Des jeunes apparemment en bonne santé mouraient de la COVID. D'autres femmes âgées, souffrant de problèmes de santé sous-jacents, se contentaient de légères fièvres. Personne ne pouvait expliquer pourquoi. Stephen Hawking Il avertissait depuis des années que révéler notre présence dans l'univers pouvait être risqué (cela n'a rien à voir, mais le principe est similaire : on ne sait jamais ce qui nous attend). C'est pareil avec les virus : on ne sait jamais comment on réagira avant de les rencontrer. Et lorsqu'on les rencontre, il est souvent trop tard pour se préparer.
« L’un des aspects les plus surprenants de la pandémie a été de voir des jeunes apparemment en très bonne santé tomber gravement malades puis mourir », explique Mark Davis, immunologiste de Stanford qui a contribué à fonder le domaine de immunologie des systèmesCertains souffraient d'obésité ou de diabète. D'autres non. La question est : aurions-nous pu savoir à l'avance que leur système immunitaire était défaillant ? aurions-nous pu le diagnostiquer et les avertir de prendre des précautions supplémentaires ?
Le test d’immunome est conçu pour répondre à cette question. En mesurant l'état initial du système immunitaire, on peut prédire qui répondra mieux ou moins bien à une infection, ou à un vaccin. Des tests existent déjà. protocoles détaillés Pour gérer les imprévus (bon, celui-là parlait d'extraterrestres, mais le principe s'applique aussi aux pandémies). La différence, c'est qu'avec l'IHM, vous pouvez savoir à l'avance si vous êtes à risque. Non pas en raison de votre âge ou de pathologies, mais en raison de l'état réel de votre virus d'immunodéficience.
Comment fonctionne le score d'immunome
Le test commence par une prise de sang. Ce n'est pas invasif. Ensuite, l'échantillon est soumis à une batterie d'analyses : séquençage de l'ARN pour identifier les gènes actifs dans les cellules immunitaires, mesure de centaines de protéines circulantes et comptage haute résolution de dizaines de types cellulaires différents. Les données sont traitées par des algorithmes qui les comparent à une base de données de milliers de personnes, saines et malades. L'intelligence artificielle recherche des schémas, des corrélations et des signaux faibles indiquant un état de santé compromis.
Le résultat est un nombre sur une échelle arbitraire. Comme quand au lycée, ils vous donnaient une note de 1 à 10 et que vous ne compreniez pas vraiment ce que signifiait le 7.Sauf qu'ici, le score repose sur des bases statistiques solides. Plus il est élevé, meilleur est le fonctionnement de l'immunome. Plus il est bas, plus le système est sollicité ou compromis. L'équipe de Tsang a validé ce score dans plusieurs études indépendantes. Elle a démontré que l'IHM prédit la réponse aux vaccins : les personnes ayant un score élevé développent davantage d'anticorps. Elle a ensuite montré qu'il reflète l'activité de maladies auto-immunes comme le lupus : à mesure que les symptômes s'aggravent, le score diminue. Elle a également établi une corrélation avec l'indice de masse corporelle, même en tenant compte de l'âge, du sexe et de l'origine ethnique.
Le test a également révélé quelque chose d’intéressant sur le vieillissement. L’âge biologique de l’immunome ne correspond pas à l’âge chronologiqueCertaines personnes de 70 ans ont développé une immunomasse comparable à celle des quadragénaires. D'autres quadragénaires semblent avoir 40 ans d'un point de vue immunitaire. David Duncan, journaliste au Red Dot, a découvert que son immunome datait d'environ 47 ans. Il avait 67 ans. Un résultat qui l'a surpris, compte tenu (comme mentionné) de deux épisodes de COVID longue durée et de décennies de stress professionnel.
Le projet de cartographie de l'immunome global
Tsang et son collègue Shai Shen-Orrdu Technion Les Israéliens ont un plan ambitieux. Ils veulent tester des centaines de milliers de personnes à travers le monde. Pas seulement des Américains et des Européens, mais aussi des Africains, des Asiatiques, des Sud-Américains et des Australiens. Car l'immunodéficience varie selon l'environnement. Un exemple ? Un vaccin développé dans le Maryland pourrait très bien fonctionner là-bas, mais échouer en Tanzanie. Non pas parce que le vaccin est défectueux, mais parce que les systèmes immunologiques des deux populations sont différents. Différentes génétiques, différents régimes alimentaires, différents agents pathogènes, différents climats… Tout cela contribue à façonner le système immunitaire.
en 2022, Tsang et Shen-Orr se sont rencontrés Jane Metcalfe, co-fondateur de Câble, qui venait de devenir président de la Projet sur le système immunitaire humain (HIP). L'organisation a été fondée en 2016 pour développer de meilleurs vaccins, mais a récemment changé de mission : décoder l'immunome humain à l'échelle mondiale. « Nous disposons de profils moléculaires avancés développés à Palo Alto et Tel Aviv », a déclaré Metcalfe, « mais nous ne pouvons pas comprendre la variabilité du système immunitaire si nous ne testons que de petits groupes dans quelques villes. Nous avons besoin de sites partout pour construire de véritables modèles prédictifs. »
L'objectif est de commencer par une étude pilote en Afrique, en Australie, en Asie de l'Est, en Europe, aux États-Unis et en Israël. L'étude sera menée auprès de quelques milliers de personnes. Elle sera ensuite étendue à 150 sites dans le monde et portera sur environ 250 000 personnes. Objectif final : créer une base de données publique sur l'immunome humain Accessible à tous les chercheurs. Une infrastructure mondiale pour comprendre la réponse du système immunitaire aux infections, aux vaccins, aux médicaments et aux facteurs de stress environnementaux. Et pour développer des thérapies personnalisées en fonction du statut immunitaire réel de chaque patient.
Le coût estimé est d’environ 3 milliards de dollars sur 10 ans. HIP prévoit de lever des fonds en combinant des fonds publics et privés, en collaboration avec les gouvernements et les agences internationales. La réduction du financement fédéral de la recherche biomédicale aux États-Unis pourrait compliquer les choses, mais l'organisation souhaite diversifier ses sources. Le projet est déjà soutenu par des institutions telles que La Fondation Gates et implique des universités et des centres de recherche du monde entier.
Que se passe-t-il lorsque l'immunome vieillit ?
Le vieillissement affecte le système immunitaire de manière prévisible. Les lymphocytes T deviennent moins réactifs. La production de nouveaux lymphocytes ralentit. La moelle osseuse, qui produit les cellules immunitaires, devient moins efficace. Une inflammation chronique de bas grade (appelée s'enflammer) s'accumule. Résultat : une plus grande vulnérabilité aux infections, aux tumeurs et aux maladies auto-immunes. Mais le processus varie d'une personne à l'autre. Certaines personnes conservent un système immunitaire robuste jusqu'à 80 ans. D'autres montrent des signes de déclin dès 50 ans.
Shen-Orr a développé une variante du test appelée IMM-ÂGE, qui calcule l'âge biologique de l'immunome en fonction de la composition cellulaire et des taux de protéines. Son équipe a principalement utilisé ces données pour évaluer le risque cardiovasculaire : un immunome prématurément vieilli est corrélé à un risque accru de crise cardiaque et d'accident vasculaire cérébral. Lorsque Duncan a passé le test IMM-AGE, son âge immunitaire était de 57 ans, contre 67 ans chronologique. Un bon résultat, mais pas exceptionnel. Shen-Orr imagine un avenir où les gens vérifieraient leur score d'immunome sur une application après chaque prise de sang, comme on le fait aujourd'hui pour vérifier son rythme cardiaque ou sa tension artérielle.
L'idée est simple : si vous pouvez mesurer quelque chose, vous pouvez essayer de l'améliorerUn immunome présentant un faible score pourrait bénéficier d'interventions ciblées : réduction du stress, amélioration du sommeil, alimentation plus équilibrée et exercice physique. Ou, dans les cas plus graves, de thérapies immunomodulatrices. Il existe déjà des traitements qui stimulent les lymphocytes T régulateurs pour contrôler les maladies auto-immunes, ou les inhibent pour permettre au système immunitaire de mieux attaquer les tumeurs. Mais il s'agit d'approches expérimentales, encore loin d'une utilisation clinique courante.
Les cellules gardiennes qui ont remporté le prix Nobel
Octobre 2025. Le Prix Nobel de médecine il est juste allé à Marie Brunkow, Fred Ramsdell e Shimon Sakaguchi Pour la découverte des lymphocytes T régulateurs. Ce sont les « gardes » de l'immunome : ils empêchent le système immunitaire d'attaquer les tissus sains. Sans eux, l'organisme s'autodétruit. En cas de surnombre, les tumeurs se développent sans contrôle, car le système immunitaire reste bloqué. Le gène FOXP3, identifié par Brunkow et Ramsdell en 2001, contrôle le développement de ces cellules. Les mutations de ce gène provoquent des maladies auto-immunes dévastatrices comme le syndrome IPEX.
Cette découverte a ouvert une nouvelle frontière thérapeutique. Stimuler les cellules T régulatrices pourrait guérir le diabète de type 1, la sclérose en plaques et le lupus. Les réduire pourrait aider l’immunothérapie contre le cancer à mieux fonctionner. Les immunoessais peuvent mesurer les niveaux de ces cellules et prédire si un patient répondra aux thérapies qui les modulent. C’est un exemple concret de la manière dont la compréhension du système immunitaire au niveau moléculaire modifie l’approche de la médecine.
« Leurs découvertes ont été cruciales pour comprendre pourquoi nous ne développons pas tous de maladies auto-immunes graves », a-t-il déclaré. Olle Kampe, président du comité Nobel. Sakaguchi, 74 ans, a déclaré aux journalistes japonais : « C’est un honneur, mais surtout une victoire pour ceux qui croient que le corps humain peut aussi arrêter, et pas seulement attaquer. »
Quand pourrons-nous tous faire le test d’immunogénicité ?
Pour l'instant, le test d'immunome reste expérimental. Vous ne pouvez pas le demander à votre médecin généraliste. Il est trop cher, nécessite une technologie sophistiquée et requiert du personnel spécialisé. Mais Rachel Sparks est optimiste :
Je pense que dans dix ans, nous disposerons d'une solution utilisable en clinique. Je pourrai exploiter cette compréhension fine du fonctionnement du système immunitaire au niveau cellulaire chez mes patients. Et j'espère que nous pourrons cibler les thérapies directement sur les cellules ou les voies qui contribuent à la maladie.
Mark Davis acquiesce : « Avec un peu d'effort, nous pourrions obtenir quelque chose d'utile d'ici 10 ans. » Le processus est lent. Des normes validées, des protocoles partagés et des études à grande échelle sont nécessaires pour démontrer l'efficacité du test. Il faut également convaincre les systèmes de santé de financer un test nettement plus coûteux qu'une NFS traditionnelle. Mais le potentiel est là. Identifier les maladies avant les symptômes peut sauver des vies. Prédire la réponse vaccinale peut optimiser les campagnes de vaccination. Comprendre pourquoi certaines personnes vieillissent mieux que d'autres peut aider tout le monde à mieux vieillir.
Metcalfe envisage des applications encore plus larges.
Nous pourrions relier les données de l'immunome à la hausse des températures mondiales pour étudier l'impact du changement climatique sur le système immunitaire d'un nouveau-né ou d'une femme enceinte. Ces données pourraient être intégrées à des modèles nous aidant à comprendre les effets de la pollution, de la nutrition et du climat sur la santé humaine.
Le point rouge et l'avenir de la médecine
David Duncan a obtenu son score : 0,35 sur une échelle arbitraire. Un immunome sain, placé parmi des personnes de 20 ans plus jeunes. Un résultat qui ne révèle pas de détails précis (comme la raison pour laquelle il a eu deux fois la COVID longue et d’autres non), mais qui offre une évaluation générale de l’état du système. « Votre score varie toujours en fonction de votre exposition et de votre âge », lui a expliqué Tsang. « L’IHM est encore si récent qu’il est difficile de savoir exactement ce qu’il signifie tant que nous n’aurons pas approfondi nos recherches et que le HIP ne pourra pas évaluer des milliers, voire des centaines de milliers de personnes. »
Nous devrons également continuer à tester Duncan au fil du temps pour observer l'évolution de son immunité : comment elle évolue après une infection, après une période de stress, après des années. Les chiffres seuls ne suffisent pas. Il faut connaître le contexte et l'histoire. Nous devons comprendre où il va, et pas seulement où il se trouve actuellement. Mais en attendant, pour la première fois, il existe un moyen de mesurer quelque chose qui était auparavant invisible. C'est comme découvrir que l'on peut peser les penséesCe n’est pas parfait, mais c’est un début.
Duncan conclut son expérience sur une note de prudence et de curiosité : « Je me demande ce que mon système immunitaire pourrait encore révéler quant à ma santé actuelle, ou quant à mon avenir, le mois prochain ou dans quelques années. » La question reste ouverte. L’immunome continue de changer. Et le test continue d’évoluer. Peut-être que dans dix ans, nous vérifierons le score comme nous vérifions notre glycémie aujourd’hui. Peut-être que cela deviendra une routine. Ou peut-être découvrirons-nous qu’en savoir trop engendre plus d’anxiété que de bienfaits.
Pendant ce temps, le point rouge sur le graphique reste là. Un chiffre qui dit quelque chose, mais pas tout. Pas assez pour nous rassurer, mais c'est mieux que rien.
Demain, ce nombre pourrait tout nous dire.
