Avant qu'un médecin puisse traiter un patient, il doit savoir ce qui ne va pas chez lui, n'est-ce pas ?
Ce n'est pas si difficile si la varicelle ou une entorse à la cheville est le problème, mais les infections peuvent être beaucoup plus difficiles à détecter pour un test de diagnostic. La pneumonie virale et la pneumonie bactérienne, par exemple, provoquent des symptômes similaires mais peuvent nécessiter des traitements différents.
Tout le monde connaît le problème: un test de diagnostic est conçu pour rechercher uniquement un virus, une bactérie ou un autre agent pathogène spécifique dans un type spécifique d'échantillon, tel que le sang ou l'urine.
Chaque test de diagnostic prend du temps à analyser, et si la première série de tests n'est pas concluante, un médecin peut devoir en commander un autre. En résumé: patients subissant le processus parfois invasif de prélèvement d'échantillons et retards de traitement.
Le test de diagnostic universel
Scientifiques de l'UC San Francisco ils prétendent avoir développé un test de diagnostic unique qui peut rechercher tout type d'échantillon d'ADN pour les agents pathogènes connus et fournir des résultats en seulement six heures.
Nous avons déjà des tests qui recherchent le code génétique des virus ou des bactéries dans un échantillon. Un exemple avant tout ? Le test de diagnostic le plus couramment utilisé pour le COVID-19 (appelé test RT-PCR) fonctionne en recherchant l'ARN du coronavirus.
Ce que les chercheurs de l'UC San Francisco ont développé est un test de diagnostic qui commence par séquencer tout l'ADN présent dans un échantillon (humain, viral, bactérien et fongique) en utilisant une technique existante, appelée séquençage métagénomique de nouvelle génération (mNGS).
Ensuite, un logiciel recherche tout l'ADN, à la recherche de correspondances dans une base de données de chaque agent pathogène connu - il trouve une correspondance et vous savez quel agent pathogène a infecté un patient.
Simple et révolutionnaire
La polyvalence d'un test de diagnostic universel attire immédiatement l'attention. Un médecin peut choisir le type d'échantillon le plus susceptible d'héberger l'agent pathogène (par exemple, liquide pulmonaire pour un patient présentant des signes de pneumonie). Cependant, il n'a plus à se soucier d'utiliser un test conçu pour fonctionner avec ce type spécifique d'échantillon.
l'étude
Les chercheurs ont précédemment montré que leur technique pouvait être utilisée pour détecter les virus à ARN de différents fluides corporels. Pour leur dernière étude, publié dans Nature Medicine, ont choisi de se concentrer sur un test de diagnostic permettant d'identifier l'ADN des bactéries et des champignons.
Pour commencer, les chercheurs ont utilisé leur test de diagnostic pour analyser 180 échantillons de fluides corporels provenant de 160 patients. Ces échantillons avaient déjà subi des tests diagnostiques réguliers utilisant deux méthodes traditionnelles: le test de culture (essayer de faire pousser des microbes dans une boîte de Pétri) et les tests PCR.
Les chercheurs ont utilisé deux technologies différentes pour générer leurs séquences: le séquençage des nanopores, qui peut fournir des résultats en aussi peu que six heures, et le Séquençage Illumina, qui peut traiter de nombreux échantillons mais prend plus de 24 heures.
Les deux méthodes correspondaient aux diagnostics des méthodes traditionnelles dans environ 75% des infections bactériennes et 91% des infections fongiques.
Développeur de tests diagnostiques Charles Chiu avec une machine de séquençage. Crédits: Elisabeth Fall
Le nouveau test peut être utilisé initialement après un test du patient négatif avec d'autres méthodes de routine. À distance, s'il est efficace, le test de diagnostic universel peut supplanter la plupart des tests actuels.
