Une nouvelle variante du SRAS-CoV-2 avec un nombre inhabituellement élevé de mutations a été détectée en Afrique du Sud et semble avoir déclenché deux choses : une augmentation récente des cas et une augmentation très récente de la panique générale. Messieurs, voici Omicron. Voici une première sélection des données collectées autour.
Quand B.1.1.529 a-t-il été identifié pour la première fois ?
Première question. Il existe un article sur le site du Forum économique mondial daté du 12 juillet 2021. Trouvez-le ici. Cet article mentionne la variante B.1.1.529, découverte par des scientifiques en Afrique du Sud. En cliquant sur le lien relatif à la découverte, vous êtes directement catapulté vers un autre article, daté du 26 novembre 2021. La mention a été ajoutée plus tard, car dans le post original de juillet (vous pouvez le trouver ici) il n'y avait pas.
Par conséquent, les nouvelles selon lesquelles cette variante est déjà apparue l'été dernier sont fausses.
La variante Omicron a été détectée pour la première fois sur 23 novembre en Afrique du Sud à partir d'échantillons prélevés entre le 14 et le 16 novembre. Joe Phaahla, le ministre sud-africain de la Santé, a déclaré hier qu'il pensait que le variant était à l'origine d'une augmentation exponentielle des cas quotidiens de covid-19 à travers le pays. Hier, l’OMS l’a désigné comme variant « digne d’attention » (préoccupation). Cela a conduit plusieurs pays à adopter des restrictions de voyage pour les personnes voyageant à destination ou en provenance de certains pays (Afrique du Sud, Botswana, Lesotho, Eswatini, Zimbabwe et Namibie).
Que se passe-t-il en Afrique du Sud ?
Des cas quotidiens nationaux sont passés 274 11er novembre à 1000 deux semaines plus tard. Même si le taux de croissance a été rapide, les chiffres absolus restent relativement faibles. Plus de 80 % des cas en Afrique du Sud se trouvent actuellement dans la province de Gauteng. Les 77 cas séquencés dans la province entre le 12 et le 20 novembre ont été identifiés comme étant la variante Omicron. Le nombre estimé de reproduction, c'est-à-dire le nombre moyen de personnes qu'une personne est susceptible d'infecter, est de près de 2 dans le Gauteng, contre près de 1,5 à l'échelle nationale.
Que nous disent les mutations d'Omicron ?
La variante présente une « constellation de mutations très inhabituelle », dit-il. Sharon Paon de l'Université de Cambridge. Il y a plus de 30 mutations dans la protéine Spike, la partie du SRAS-CoV-2 qui interagit avec les cellules humaines. D’autres mutations pourraient aider le variant Omicron à contourner notre système immunitaire, mais (il faut le souligner) « cela n’a pas été prouvé ».
L’importance des mutations est actuellement théorique et ne repose pas sur des tests de laboratoire, mais sur des expériences passées. Nous ne savons pas si Omicron réduira réellement l’efficacité des vaccins. Cependant, d'après les déclarations des scientifiques, le type de mutations cela compromettra certainement (dans quelle mesure reste à évaluer) l’efficacité des anticorps produits par les vaccins.
Les mutations d'une partie du virus sont similaires à celles observées dans les variantes Alpha et Delta, ce qui pourrait aider la variante à se propager plus facilement. Wendy Barclay de l’Imperial College London pense qu’il est « très biologiquement plausible » que B.1.1.529 ait une transmissibilité plus élevée que Delta.
Les mutations d'Omicron le rendent susceptible d'être plus résistant même aux traitements par anticorps (comme ceux développés par Regeneron), dont il a été prouvé qu’ils sauvent des vies. C’est effectivement une source de préoccupation. À l’heure actuelle, il y aurait cependant une petite note « positive » : il n’y a absolument aucun signe qu’Omicron provoque une maladie plus grave.
Quelle est la diffusion actuelle d'Omicron ?
Le séquençage génomique a initialement trouvé la variante Omicron dans Afrique du Sud, Botswana e Hong Kong. Il y a aussi des cas signalés dans Israël, apparemment originaire d'un voyageur de Malawi, Et dans Belgique, par un voyageur égyptien.
Il est fort probable qu'Omicron se soit propagé à d'autres pays.
La variante Omicron surpassera-t-elle la Delta ? Sans en faire le tour : personne ne sait. Si cette variante s'avère moins transmissible que la Delta ce sera certainement une bonne nouvelle.
Qu'avons nous à faire?
Je ferme (pour l'instant) les nouvelles fraîches avec un espoir. André Pollard, le directeur de l'Oxford Vaccine Group qui a développé le vaccin AstraZeneca se dit optimiste sur le fait que les vaccins résisteront également à Omicron.
Pollard estime qu’une forte reprise après la pandémie est « peu probable ». « La plupart des mutations » du variant Omicron « se retrouvent aux mêmes endroits sur la protéine Spike que les autres variants » contre lesquels les vaccins se sont révélés efficaces.
On verra. En attendant, que faire ?
Les mesures habituelles de distanciation sociale sont toujours une étoile du Nord. Le lavage des mains, le port du masque, la vaccination et le rappel sont des outils qui ont encore une certaine efficacité. Omicron nous met en garde contre le risque de taux de vaccination erratiques dans le monde : seulement 24% des personnes sont complètement vaccinées en Afrique du Sud. Nous devons aider les pays à revenu faible et intermédiaire à accéder aux vaccins.
